早在1986年，国家就开始了第一次的科技体制改革，逐步减少对科研院所的财政划拨经费。1990年代中期，国家开始了以科研院所转制为主要内容的第二次科技体制改革，希望彻底把科研院所推向市场。
1996年，何光远从部长的任上退休，但他注意到了三年以后的一次更关键的改革。1999年3月，机械工业、冶金、煤炭、化工等10个由部降格为局的行业主管部门在划归原国家经济贸易委员会之后，所属科研机构管理体制改革启动。按要求，10个行业局所辖的242个技术开发型科研院所，在2000年底前必须与政府脱钩，由事业单位向企业化转制。
改革似乎在一夜间完成，原先这些一直承担共性技术研究和行业标准制定的科研机构，转瞬间成为以赢利为目的的企业。但是改革的不良后果也很快显现出来。“这些科研院所以前承担了国家共性技术的研究和行业标准、技术规章的制定，改制后成为企业，这些科研机构没有动力进行共性技术研究了，他们更关心如何到市场上找饭吃。”何光远说，这些损失是长远的。
2006年“两会”前夕，242家转制行业科研院所的院士们联名上书国务院，信中建议国家尽快成立工业技术研究院，专门研究行业发展中重大的、关键的共性技术，为应对国际巨头的竞争提供技术支持。但到目前为止，工业技术研究院还停留在院士们的建议书上。
频繁的机构改革
中国30年的改革，表现在政府管理层面上是多次机构变动。改革主线也以淡化行政色彩、加强宏观管理，从僵硬的行政管理实现市场化的行业管理为主。
30年里，中国机械工业管理体制也经历了数不清的变革，反反复复、分分合合，虽然每次都是在政府机构改革的大背景下展开，但期间又充满了随意性。
1980年年底，何光远从长春调任国家农业机械部任副部长。当时农业机械部除了负责农业机械的制造外，农业机械化和农机使用管理也归口该部，另外内燃机制造也属于农机部职权范围。当时除农业机械外，还有从一机部到八机部的8个部级管理部门，分别管理民用机械、核工业、航空、电子工业、兵器、造船、航空和战术导弹工业。在这些部门之上，国务院还专门有一个机械工业委员会，总体指导全国机械工业领域，薄一波任机械委主任。
1982年2月，国务院开始了十一届三中全会以后第一次自上而下的政府机构改革。按改革方案，国务院决定在农机部与一机部合并的基础上，吸收成套总局和仪表总局，成立机械工业部，撤销国务院机械委。机构合并前，一机部部长是饶斌，农机部部长是杨立功。
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